AGD Research ID: agd0010.v1
研究内容の概要
目的: ゲノム解析による乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの病態解明
方法: 検体ゲノムのlarge structral variantsを同定するために、10X Chromiumを使いシーケンシングと解析を行った。
対象: 肺がん7症例、大腸がん12症例、乳がん11症例
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
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AGDS_00000000006 | NGS(WGS) | 制限共有 | 2019/07/09 |
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分子データ
対象 |
肺がん(ICD10:C34):7症例 非腫瘍組織と腫瘍組織ペア3症例、腫瘍組織のみ4症例 大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):12症例 全て非腫瘍組織と腫瘍組織ペア 乳がん(ICD10:C50):11症例 全て腫瘍組織のみ |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform | 10x Genomics [Chromium Controller] |
ライブラリソース | 肺がん、大腸がん、乳がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) | 10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution |
断片化の方法 | 10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) | 125 bp |
Amed Genome group sharing Database Data set ID | AGDD_00000000006 |
総データ量 | 2 TB(fastq, bed, vcf [ref:hg38]) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | AGD policy |
提供者情報
研究代表者: 間野 博行
所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名: -
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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日本医療研究開発機構(AMED) ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 | ヒトゲノム De Novo 情報解析テクノロジーの創出 | 19km0405204h0004 |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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