AGD Research ID: agd0010.v1

 

研究内容の概要

目的: ゲノム解析による乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの病態解明

方法: 検体ゲノムのlarge structral variantsを同定するために、10X Chromiumを使いシーケンシングと解析を行った。

対象: 肺がん7症例、大腸がん12症例、乳がん11症例

 

データID内容制限公開日
AGDS_00000000006 NGS(WGS) 制限共有 2019/07/09

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分子データ

AGDS_00000000006

対象

肺がん(ICD10:C34):7症例

  非腫瘍組織と腫瘍組織ペア3症例、腫瘍組織のみ4症例

大腸がん(ICD10:C18, C19, C20):12症例

  全て非腫瘍組織と腫瘍組織ペア

乳がん(ICD10:C50):11症例

  全て腫瘍組織のみ

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform 10x Genomics [Chromium Controller]
ライブラリソース 肺がん、大腸がん、乳がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名) 10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution
断片化の方法 10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 125 bp
Amed Genome group sharing Database Data set ID AGDD_00000000006
総データ量 2 TB(fastq, bed, vcf [ref:hg38])
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提供者情報

研究代表者: 間野 博行

所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名: -

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 ヒトゲノム De Novo 情報解析テクノロジーの創出 19km0405204h0004

 

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