AGD Research ID: agd0010.v1
研究内容の概要
目的： ゲノム解析による乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの病態解明
方法： 検体ゲノムのlarge structral variantsを同定するために、10X Chromiumを使いシーケンシングと解析を行った。
対象： 肺がん7症例、大腸がん12症例、乳がん11症例
| データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
|---|---|---|---|
| AGDS_000006 | NGS（WGS） | 制限共有 | 2019/07/09 |
※リリース情報はこちら
※制限共有データの利用にあたっては、利用申請が必要です。申請方法はこちら。
分子データ
AGDS_000006（2021年10月22日にJGAへ移行されました：hum0094.v8）
| 対象 |
肺がん（ICD10：C34）：7症例 非腫瘍組織と腫瘍組織ペア3症例、腫瘍組織のみ4症例 大腸がん（ICD10：C18, C19, C20）：12症例 全て非腫瘍組織と腫瘍組織ペア 乳がん（ICD10：C50）：11症例 全て腫瘍組織のみ |
| 規模 | WGS |
| 対象領域（Target Captureの場合） | - |
| Platform | 10x Genomics [Chromium Controller] |
| ライブラリソース | 肺がん、大腸がん、乳がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA |
| 検体情報（購入の場合） | - |
| ライブラリ作製方法（キット名） | 10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution |
| 断片化の方法 | 10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution |
| ライブラリ構築方法 | Paired-end |
| リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー） | 125 bp |
| Amed Genome group sharing Database Data set ID | AGDD_000006 |
| 総データ量 | 2 TB（fastq, bed, vcf [ref：hg38]） |
| コメント（利用にあたっての制限事項） | AGD policy |
提供者情報
研究代表者： 間野 博行
所 属 機 関： 国立がん研究センター研究所 細胞情報学分野
プロジェクト/研究グループ名： -
URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html
科研費/助成金（Research Project Number）：
| 科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
|---|---|---|
| 日本医療研究開発機構（AMED） ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業 | ヒトゲノム De Novo 情報解析テクノロジーの創出 | 19km0405204h0004 |
関連論文
| タイトル | DOI | データID | |
|---|---|---|---|
| 1 | - | ||
| 2 |
