AGD Research ID: agd0010.v1

研究内容の概要

目的： ゲノム解析による乳がん、肺腺がん、および、大腸がんの病態解明

方法： 検体ゲノムのlarge structral variantsを同定するために、10X Chromiumを使いシーケンシングと解析を行った。

対象： 肺がん7症例、大腸がん12症例、乳がん11症例

データID	内容	制限	公開日
AGDS_000006	NGS（WGS）	制限共有	2019/07/09

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分子データ


対象	肺がん（ICD10：C34）：7症例　　非腫瘍組織と腫瘍組織ペア3症例、腫瘍組織のみ4症例大腸がん（ICD10：C18, C19, C20）：12症例　　全て非腫瘍組織と腫瘍組織ペア乳がん（ICD10：C50）：11症例　　全て腫瘍組織のみ
規模	WGS
対象領域（Target Captureの場合）	-
Platform	10x Genomics [Chromium Controller]
ライブラリソース	肺がん、大腸がん、乳がんの腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報（購入の場合）	-
ライブラリ作製方法（キット名）	10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution
断片化の方法	10x Genomics Chromium Genome Sequencing Solution
ライブラリ構築方法	Paired-end
リード長（除：バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー）	125 bp
Amed Genome group sharing Database Data set ID	AGDD_000006
総データ量	2 TB（fastq, bed, vcf [ref：hg38]）
コメント（利用にあたっての制限事項）	AGD policy

研究代表者： 間野博行

所属機関： 国立がん研究センター研究所細胞情報学分野

プロジェクト/研究グループ名： -

URL: https://www.ncc.go.jp/jp/ri/division/genetics/index.html

科研費/助成金（Research Project Number）：

科研費・助成金名	タイトル	研究課題番号
日本医療研究開発機構（AMED）ゲノム医療実現推進プラットフォーム事業	ヒトゲノム De Novo 情報解析テクノロジーの創出	19km0405204h0004