AGD Research ID: agd0009

 

研究内容の概要

目的: 腫瘍組織および非腫瘍組織(末梢血)の遺伝子プロファイリングを行うことにより、治療効果および毒性に関連する体細胞遺伝子変異、遺伝子発現ならびに遺伝子多型の同定を行う

方法: 次世代シークエンサーを用いたゲノムプロファイリング

対象: 抗悪性腫瘍薬による治療を予定している患者

 

データID内容制限公開日
AGDS_00000000008 NGS(Target Capture) 制限共有 2020/10/12

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分子データ

AGDS_00000000008

対象

抗悪性腫瘍薬による治療を予定しているがん患者(ICD10:C00-D48):507名(1018検体)

    腫瘍組織および非腫瘍組織(末梢血)

    507名のうち、1名は2がん種(重複がん)の2検体、1名は原発巣と転移巣の2検体

規模 Target Capture
対象領域(Target Captureの場合) NCCオンコパネル検査(114遺伝子
Platform Illumina [MiSeq、NextSeq]
ライブラリソース がん患者の腫瘍組織および非腫瘍組織から抽出したDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

SureSelect XT reagent

KAPA Hyper Prep kit

断片化の方法 超音波断片化(Covaris)
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) 151 bp
Amed Genome group sharing Database Data set ID AGDD_00000000008
総データ量 2 TB(fastq、bam [ref:hg19])
コメント(利用にあたっての制限事項) AGD policy

 

提供者情報

研究代表者: 河野 隆志

所 属 機 関: 国立がん研究センター研究所 ゲノム生物学研究分野

プロジェクト/研究グループ名: TOP-GEARプロジェクト

URL: UMIN 試験ID: UMIN000011141

            https://upload.umin.ac.jp/cgi-open-bin/ctr/ctr_view.cgi?recptno=R000013046

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
日本医療研究開発機構(AMED) 臨床ゲノム情報統合データベース整備事業 ゲノム創薬・医療を指向した全国規模の進行固形がん、及び、遺伝性腫瘍臨床ゲノムデータストレージの構築 18kk0205004h0003

 

関連論文

タイトルDOIデータID
1 Feasibility and utility of a panel testing for 114 cancer‐associated genes in a clinical setting: A hospital‐based study doi: 10.1111/cas.13969 AGDD_00000000008
2 A computational tool to detect DNA alterations tailored to formalin-fixed paraffin-embedded samples in cancer clinical sequencing doi: 10.1186/s13073-018-0547-0 AGDD_00000000008

 

データ利用者一覧

研究代表者所属機関利用データID利用期間