agd0008.v2 リリース情報

Research ID公開日内容
agd0008.v2 2022/02/01 胃がんのWGSデータのbam/gvcfデータ
agd0008.v1 2019/07/23 NGS(WGS)

 

agd0008.v2

AGDD_000005に含まれる胃がん症例のwhole genome sequencing解析データに対し、GEnome Medical alliance Japan(GEM Japan, GEM-J)の取り組みとして、GATK Best Practicesに準拠した方法により、GRCh37の参照ゲノム配列へのマッピングおよびバリアント検知を実施した際のbam/gvcfデータを追加した。

 

agd0008.v1

2003年から2017年度にバイオバンク・ジャパンに登録された心筋梗塞(1765症例)、胃がん(255症例)、認知症(199症例)の全ゲノムシークエンスデータを提供する(fastq)。Illumina(HiSeq 2500/HiSeq X Five)を用いて、平均長(125/126/151)塩基のDNA断片を解読した(Paired-end)。

 

Note: