AGD Research ID: agd0008.v1

 

研究内容の概要

目的: 全ゲノムシークエンスによる心筋梗塞、胃がん、認知症患者疾患関連遺伝子解析

方法: Illumina HiSeqによる全ゲノム解析

対象: 2003年から2017年度にバイオバンク・ジャパンに登録された心筋梗塞(1765名)、胃がん(255名)、認知症(199名)

URL: http://www.biobankjp.org/index.html

 

データID内容制限公開日
AGDS_00000000005 NGS (WGS) 制限共有 2019/07/23

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分子データ

AGDS_00000000005

対象

2003年から2017年度にバイオバンク・ジャパンに登録された症例:2219名

    心筋梗塞(ICD10:I21):1765症例

    胃がん(ICD10:C16):255症例

    認知症(ICD10:F00-03):199症例

規模 WGS
対象領域(Target Captureの場合) -
Platform

心筋梗塞:Illumina [HiSeq X Five]

胃がん:Illumina [HiSeq 2500]

認知症:Illumina [HiSeq X Five]

ライブラリソース 末梢血から抽出したgDNA
検体情報(購入の場合) -
ライブラリ作製方法(キット名)

心筋梗塞:TruSeq DNA PCR-Free Prep kit

胃がん:TruSeq DNA Nano library kit

認知症:TruSeq DNA PCR-Free Prep kit

断片化の方法 超音波断片化
ライブラリ構築方法 Paired-end
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー)

心筋梗塞:151 bp

胃がん:125 bp/126 bp

認知症:151 bp

Amed Genome group sharing Database Data set ID AGDD_00000000005
総データ量 120 TB(fastq)
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提供者情報

研究代表者: 松田 浩一 / 桃沢 幸秀

所 属 機 関: 東京大学大学院新領域創成科学研究科 / 理化学研究所

プロジェクト/研究グループ名: オーダーメイド医療の実現プログラム

URL: http://www.biobankjp.org/index.html

科研費/助成金(Research Project Number):

科研費・助成金名タイトル研究課題番号
文部科学省 科学技術試験研究委託事業費 オーダーメイド医療の実現プログラム(第3期) -

 

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