AGD Research ID: agd0008.v1
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研究内容の概要
目的: 全ゲノムシークエンスによる心筋梗塞、胃がん、認知症患者疾患関連遺伝子解析
方法: Illumina HiSeqによる全ゲノム解析
対象: 2003年から2017年度にバイオバンク・ジャパンに登録された心筋梗塞(1765名)、胃がん(255名)、認知症(199名)
URL: http://www.biobankjp.org/index.html
データID | 内容 | 制限 | 公開日 |
---|---|---|---|
AGDS_000005 | NGS(WGS) | 制限共有 | 2019/07/23 |
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分子データ
対象 |
2003年から2017年度にバイオバンク・ジャパンに登録された症例:2219名 心筋梗塞(ICD10:I21):1765症例 胃がん(ICD10:C16):255症例 認知症(ICD10:F00-03):199症例 |
規模 | WGS |
対象領域(Target Captureの場合) | - |
Platform |
心筋梗塞:Illumina [HiSeq X Five] 胃がん:Illumina [HiSeq 2500] 認知症:Illumina [HiSeq X Five] |
ライブラリソース | 末梢血から抽出したgDNA |
検体情報(購入の場合) | - |
ライブラリ作製方法(キット名) |
心筋梗塞:TruSeq DNA PCR-Free Prep kit 胃がん:TruSeq DNA Nano library kit 認知症:TruSeq DNA PCR-Free Prep kit |
断片化の方法 | 超音波断片化 |
ライブラリ構築方法 | Paired-end |
リード長(除:バーコード、アダプタ、プライマー、リンカー) |
心筋梗塞:151 bp 胃がん:125 bp/126 bp 認知症:151 bp |
Amed Genome group sharing Database Data set ID | AGDD_000005 |
総データ量 | 112 TB(fastq) |
コメント(利用にあたっての制限事項) | AGD policy |
提供者情報
研究代表者: 松田 浩一 / 桃沢 幸秀
所 属 機 関: 東京大学大学院新領域創成科学研究科 / 理化学研究所
プロジェクト/研究グループ名: オーダーメイド医療の実現プログラム
URL: http://www.biobankjp.org/index.html
科研費/助成金(Research Project Number):
科研費・助成金名 | タイトル | 研究課題番号 |
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文部科学省 科学技術試験研究委託事業費 | オーダーメイド医療の実現プログラム(第3期) | - |
関連論文
タイトル | DOI | データID | |
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